ノベリオンは処理の中でJARファイルを出力するんですが、JARファイル内（つまりZIP圧縮したファイル）の中身が文字化けのような形で、アスキー文字は無事、その他のバイナリ部は壊れてしまうという現象が起きました。
結論から言うとZipEntryに対して、setSizeやsetCrc、setCompressedSizeなどの処理を忘れるとそういう風になってしまうみたいです。ZipOutputStream、JarOutputStreamを使う時の注意ですねー。
このページのサンプルが参考になります。
http://homepage3.nifty.com/akaho/program/java/zip/index.html
